隋朝建國，楊子崇受位儀同，以車騎將軍管理宿衛。後來擔任司門侍郎。隋煬帝即位楊子崇累進候衛將軍，因事連坐免官。不久又被起用為檢校將軍事。615年，跟隨煬帝到汾陽宮，他發現突厥有進攻的動向，請求早早回到長安，煬帝不聽。煬帝在雁門關被突厥包圍。包圍解除後，煬帝怒道：「子崇怯懦，胡亂提議，驚動我軍士氣。不能留在關鍵位置」。楊子崇出為離石郡太守。

突厥侵隋北邊、稽胡劉六兒劫掠離石郡境，楊子崇上表請求出兵鎮壓。煬帝大怒，命令楊子崇巡迴長城。楊子崇出行一百里，不能前進于是歸還。百姓苦于飢饉，聚集一起反隋，楊子崇前後捕殺數千人。617年，朔方梁師都、馬邑劉武周起兵反隋，離石郡各民族紛紛響應。楊子崇帶著心腹數百人打算從孟門關回到長安。河西諸縣殺隋朝長吏，歸附梁師都，楊子崇不能前進，回到離石。楊子崇的下屬得知李淵在太原起兵，不敢再入離石城，紛紛散去。楊子崇把逃跑者的父兄全部處斬。數日後,唐軍夜至離石城下，城中豪傑出城響應。離石城被義軍攻克，楊子崇被仇家殺害。