孝宗乾道五年（1169年）進士。知當陽縣。寧宗慶元二年（1196年），除校書郎，追論程頤為偽學，遷監察御史。是年十二月，在韓侂胄支持下，沈繼祖聯合監察御史胡紘彈劾朱熹，論「不孝其親」、「不敬於君」、「不忠於國」、「玩侮朝廷」、「哭吊汝愚」、「為害風教」等六大罪，第六條又有「誘引尼姑以為寵妾」，「家婦不夫而孕」之言；還主張斬熹之首，以絕朱學，而史稱「慶元黨案」。朱熹趕忙上書：「草茅賤士，章句腐儒，唯知偽學之傳，豈適明時之用」，並表示「深省昨非，細尋今是」。

有《梔林集》，已佚。沈繼祖之詩，曾收入《永樂大典》。

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